已有工作

单细胞分析已从一个小众的研究方向，发展为一个成熟的研究领域。因此，我们当然不是第一个就这一主题著书的人，也不是第一个提供指南与教程的人。在接下来的几节中，我们将回顾两个旨在教授单细胞分析、广受关注且仍在持续推进的项目，并说明它们与本书的相似之处和不同之处。

Bioconductor OSCA 与 OSTA 系列图书¶

《利用 Bioconductor 构建单细胞分析流程》（Bioconductor OSCA）Amezquita et al., 2022，可在线访问，网址为 https://bioconductor.org/books/release/OSCA/。这本在线书籍介绍如何使用 R 语言的 Bioconductor 生态系统，按常用工作流分析单细胞 RNA 测序（single-cell RNA sequencing, scRNA-seq）数据 Huber et al., 2015。一篇标题相同的配套论文 Amezquita et al., 2020 概述了如何借助 Bioconductor 进行单细胞分析，而在线书籍则提供了更深入的内容，配有详细的讲解和大量代码示例。

OSCA 一书对基础的 scRNA-seq 分析论述得非常全面，讲解清晰，并配有详细的工作流程示例。不过，它并未延伸到其他单细胞组学，例如单细胞转座酶可及染色质测序（single-cell assay for transposase-accessible chromatin using sequencing, scATAC-seq）。空间转录组学（spatial transcriptomics）则在配套书籍《利用 Bioconductor 构建空间分辨转录组学分析流程》（Bioconductor OSTA）中单独讨论，该书可在以下网址获取：https://lmweber.org/OSTA-book/。

由于这两本书都是为 Bioconductor 生态系统量身打造的，它们只使用 Bioconductor 中已有的工具。这些工具虽然非常有效，但正如两本书自己所承认的那样，它们未必总能为每一项分析提供最优方案。总体而言，这两本 Bioconductor 图书尤其适合具备 R 基础知识、又有扎实生物学背景，并希望在 Bioconductor 框架内学习分析单细胞与空间转录组学数据的读者。

单细胞 RNA-seq 分析的当前最佳实践：一篇教程¶

Current Best Practices in Single-Cell RNA-Seq Analysis: A Tutorial Luecken & Theis, 2019 一文由 Malte Lücken 和 Fabian Theis 撰写，介绍了 scRNA-seq 分析的最佳实践。其核心贡献不仅在于梳理各种潜在的分析步骤，更在于基于独立的基准测试推荐最佳实践。在缺乏具体最佳实践指南时，作者也针对分析方法给出了通用建议。这种聚焦独立基准测试的根本理念，极大地启发了我们的工作。与这篇论文相辅相成的，还有一份 小鼠肠道上皮区域实例分析（来自 Haber 等人）Haber et al., 2017。

与 Bioconductor OSCA 相比，这篇论文及其配套分析不受特定工具生态系统的约束，因而在所涵盖的主题范围上提供了更广阔的视角。不过，随附的示例分析对初学者不够友好，而且已经过时。与 Bioconductor OSCA 类似，Lücken 和 Theis 也未涉及 RNA 速率（RNA velocity）、空间转录组学或多组学（multi-omics）等较新的进展。

尽管存在这些局限，我们仍强烈推荐这篇论文，可将其作为了解该领域的宝贵入门读物，以及 scRNA-seq 分析初步最佳实践的指南。本书各章建立在最新的最佳实践之上，为该领域提供了与时俱进的视角。此外，本书对各工作流程的讲解更为详尽，为读者有效运用这些方法提供了必要的背景知识。我们建议读者不要依赖该论文随附的示例案例研究，而应阅读本书中详尽的章节，以获得更全面、更新的理解。