v0.2.0 2026-06-11¶
新增¶
使用以下命令添加环境及 Lamin 设置折叠区：
make dropdown（#348）@LuisHenzlmeier新增唯一分子标识符（Unique Molecular Identifier, UMI）的说明图（#363）
@LuisHeinzlmeier为贡献者添加写作风格指南和章节模板（#367）
@LuisHeinzlmeier更新
scRNA-seq章节，并增加基因表达定量说明（#371）@LuisHeinzlmeier将介绍部分重组为
fundamental和advanced两个数据结构与框架章节（#417）@LuisHeinzlmeier为贡献者添加制图风格指南（#420）
@LuisHeinzlmeier新增 GPU 加速分析章节（
RAPIDS-singlecell）（#431）@Zethson添加 intersphinx 映射，为全书提及的 API 加入文档链接（#441）
@Zethson在原始数据处理章节补充 NVIDIA Parabricks 的 GPU 加速比对说明（#446）
@Zethson
变更¶
在
Interoperability章节中添加数据集生成器并更新说明（#347）@seohyonkim更新
make dropdown，增加关键要点折叠区并移除锚点（#352）@LuisHeinzlmeier通过
lamindb加载数据集，使用localconverter替代anndata2ri.activate()，并补充图示说明，涉及Preprocessing and visualization部分（#356）@seohyonkim更新以下文件中的折叠区说明：
CONTRIBUTING.md，纳入实际使用反馈（#360）@LuisHeinzlmeier改用新的 connect 语法（#404）
@Zethson更新
10. Clustering（#406）@seohyonkim为以下章节换用正确的数据集：
10. Clustering（#411）@seohyonkim更新
11. Annotation（#412）@seohyonkim更新
12. Data integration（#413）@seohyonkim更新
13. Pseudotemporal ordering（#414）@seohyonkim更新
14. RNA velocity（#415）@seohyonkim更新表面蛋白 notebook 及关键要点（#423）
@javier-marchena-hurtado部署时插入折叠区（#424）
@Zethson更新差异基因表达章节（#430）
@LuisHeinzlmeier补充内存管理说明，适用于
RAPIDS-singlecell（#432）@Zethson迁移到 Jupyter Book v2（#436）
@seohyonkim更新基因集富集分析章节（#459）
@LuisHeinzlmeier
修复¶
固定依赖版本为
jupyter-book==1.0.4.post1，修复上游 v2 发布后 PR 预览与发布构建的兼容性问题（#400）@seohyonkim将 precommit action 固定为 v3.0.0（#357）
@seohyonkim补全词汇表链接，涉及
scRNA sequencing和raw data processing（#361）@seohyonkim生成人骨髓单个核细胞子集，并用于
10. Clustering（#410）@seohyonkim修正一处小的事实错误（#425）
@ArchKudo修正
scran归一化流程，确保原始 Count 传给computeSumFactors（#428）@matthiaspeterhans更新 Cell Ranger 输出注释的链接（#437）
@Chloe-Shen限制数据结构章节中
DataFrame预览的显示范围（#440）@Zethson对 BibTeX 键去重，修复引文被静默丢弃的问题（#442）
@Zethson修复测验 CSS 规则将
--pst-color-text-base: transparent错误应用于所有单元输出、导致 MuData/AnnData 对象摘要不可见的问题（#444）@Zethson移除 6.5 节中的重复段落（#445）
@durr1602
移除¶
从 GitHub Actions 中移除 PR 预览部署（#427）
@Zethson
v0.1.0 2023-11-14¶
新增¶
在原始数据处理部分添加 simpleaf 示例（#116）
@DongzeHE新增
inferring trajectories部分（#101）@WeilerP新增
perturbation modelling章节（#79）@Zethson新增细胞注释章节（#85）
@LisaSikkema新增
gsea pathway章节（#62）@soroorh新增
neighborhood analysis、spatial domains、spacially variable genes章节（#86）@giovp新增
cell-cell communication章节（#140）@dbdimitrov新增
paired integration章节（#103）@alitinet新增多个多模态免疫受体分析章节（#63）
@drEast新增
spatial deconvolution和imputation章节（#142）@AnnaChristina纳入 Robin Browaeys 的反馈，完善
cell-cell communication章节（#157）@dbdimitrov添加 Docker 容器并改进运行环境（#124）
@Zethson新增
compositional analysis章节（#89）@Zethson新增
lineage tracing章节（#88）@mattjones315新增
preprocessing and visualization部分（#59）@AnnaChristina新增
clustering章节（#72）@AnnaChristina添加 PDF 构建任务（#65）
@Zethson新增
prior art章节（#58）@Zethson添加新的书籍持续集成（Continuous Integration, CI）流程（#57）
@Zethson新增
preamble章节（#53）@Zethson新增 scATAC 分析部分（#162）
@lauradmartens新增
modelling mechanism部分（#96）@ilibarra新增
Integration章节（#17）@lazappi
变更¶
修正笔误（#164）（
@mjstrumillo）修正两处拼写错误（#155）（
@namsaraeva）修正归一化章节中的笔误（#118）（
@galicae）更新
RNA velocity章节（#100）（@WeilerP）更新
pseudotime章节（#148）（@WeilerP）更新多模态免疫受体章节（#110）（
@drEast）精简
GSEA章节并改进运行性能（#119）（@ivirshup）改进
integration章节（#109）（@lazappi）更新 B 细胞克隆型分析（#105）（
@jdhenaos）校对 CITE-seq 内容（#102）（
@cramsuig）审阅分析框架（#98）（
@ivirshup）更新 CITE-seq 预处理 notebook（#60）（
@danielStrobl）更新
perturbation modeling章节（#91）（@yugeji）更新
compositional analysis章节（#76）（@johannesostner）更新
raw data processing章节（#77）（@DongzeHE）更新
differential gene expression章节（#80）（@alitinet）更新
preprocessing部分（#139）（@AnnaChristina）更新
compositional analysis章节（#149）（@xinyuejohn）更新
paired integration和advanced integration章节（#135）（@alitinet）改进 pseudobulk 图，涉及
differential gene expression章节（#131）（@alitinet）更新
advanced integration章节（#112）（@alitinet）修正笔误（#166）（
@alitinet）更新
compositional analysis章节，适配以下工具的变更：pertpy（#152）（@xinyuejohn）更新以下文件中的链接：
README.md（#107）（@WeilerP）更新
spatial deconvolution章节（#93）（@amitfrish）更新
experimental data collection章节（#71）（@AnnaChristina）更新
introduction部分（#70）（@AnnaChristina）更新
preamble（#69）（@AnnaChristina）