变更日志#
v0.2.0 2026-06-11#
已添加#
添加 env-setup 和 lamin-setup 下拉框，并加入
make dropdown（#348） @LuisHenzlmeier添加 UMIs 说明图（#363） @LuisHeinzlmeier
添加贡献者用样式指南和章节模板（#367） @LuisHeinzlmeier
更新 scRNA-seq 章节，并新增关于基因表达定量的段落（#371） @LuisHeinzlmeier
将 introduction 重构为 fundamental 和 advanced data structures and frameworks 两个章节（#417） @LuisHeinzlmeier
添加贡献者用图形样式指南（#420） @LuisHeinzlmeier
添加 GPU 加速章节（
RAPIDS-singlecell）（#431） @Zethson在全书中添加 intersphinx 映射，并为 API 提及处加入超链接（#441） @Zethson
在 raw data processing 章节提及使用 NVIDIA Parabricks 进行 GPU 加速比对（#446） @Zethson
已更改#
添加数据集生成器，并更新 Interoperability 章节文本。（#347） @seohyonkim
更新
make dropdown：添加 key takeaways 下拉框并移除锚点（#352） @LuisHeinzlmeier通过
lamindb加载数据集，使用localconverter替代anndata2ri.activate()，并为 Preprocessing and visualization 小节中的图添加说明（#356） @seohyonkim根据实践反馈更新
CONTRIBUTING.md的 dropdown 章节（#360） @LuisHeinzlmeier使用新的 connect 语法（#404） @Zethson
更新 10. Clustering（#406） @seohyonkim
为 10. Clustering 使用合适的数据集（#411） @seohyonkim
更新 11. Annotation（#412） @seohyonkim
更新 12. Data integration（#413） @seohyonkim
更新 13. Pseudotemporal ordering（#414） @seohyonkim
更新 14. RNA velocity（#415） @seohyonkim
更新 surface protein 笔记本和 key takeaways（#423） @javier-marchena-hurtado
为部署说明插入下拉框（#424） @Zethson
更新 differential gene expression 章节（#430） @LuisHeinzlmeier
补充
RAPIDS-singlecell的内存管理细节（#432） @Zethson
已修复#
固定
jupyter-book==1.0.4.post1，以恢复上游 v2 发布破坏 PR 预览和发布构建后的兼容性（#400） @seohyonkim将 precommit action 修复为
v3.0.0（#357） @seohyonkim修复 scRNA sequencing 和 raw data processing 中漏掉的 glossary 链接（#361） @seohyonkim
生成人类 bmmcs 子集，并在 10. Clustering 章节中使用（#410） @seohyonkim
小幅事实性修正（#425） @ArchKudo
修复
scran归一化，使其用 raw counts 运行computeSumFactors（#428） @matthiaspeterhans更新 Cell Ranger 输出注释的链接（#437） @Chloe-Shen
限制 data-structures 章节中的
DataFrame预览范围（#440） @Zethson通过去重 BibTeX 键，修复引用被静默丢弃的问题（#442） @Zethson
修复 quiz CSS 规则将
--pst-color-text-base: transparent泄漏到所有单元输出，导致 MuData/AnnData 对象摘要不可见的问题（#444） @Zethson删除 6.5 节中的重复段落（#445） @durr1602
已移除#
从 GitHub Actions 中移除 PR 预览部署（#427） @Zethson
v0.1.0 2023-11-14#
已添加#
在 raw data processing 小节添加 simpleaf 示例（#116） @DongzeHE
添加 inferring trajectories 小节（#101） @WeilerP
添加 perturbation modelling 章节（#79） @Zethson
添加 Annotation 章节（#85） @LisaSikkema
添加 gsea pathway 章节（#62） @soroorh
添加 neighborhood analysis、spatial domains 和 spacially variable genes 章节（#86） @giovp
添加 cell-cell communication 章节（#140） @dbdimitrov
添加 paired integration 章节（#103） @alitinet
添加多个 multimodal immunce receptor 章节（#63） @drEast
添加 spatial deconvolution 和 imputation 章节（#142） @AnnaChristina
将 Robin Browaeys 的反馈加入 cell-cell comunication 章节（#157） @dbdimitrov
添加 Docker 容器并改进运行环境（#124） @Zethson
添加 compisitional analysis 章节（#89） @Zethson
添加 lineage tracing 章节（#88） @mattjones315
添加 preprocessing and visualizaton 小节（#59） @AnnaChristina
添加 clustering 章节（#72） @AnnaChristina
添加 PDF 任务（#65） @Zethson
添加 prior art 章节（#58） @Zethson
添加新书 CI（#57） @Zethson
添加 preamble 章节（#53） @Zethson
添加 scATAC 部分（#162） @lauradmartens
添加 modelling mechanism 小节（#96） @ilibarra
添加 Integration 章节（#17） @lazappi
添加新书 CI（#57） @Zethson
已更改#
修正笔误（#164） @mjstrumillo
纠正 2 个拼写错误（#155） @namsaraeva
修正 Normalization 章节中的笔误（#118） @galicae
更新 RNA velocity 章节（#100） @WeilerP
更新 pseudotime 章节（#148） @WeilerP
更新 multimodal immune receptor 章节（#110） @drEast
简化 GSEA 章节并改进性能（#119） @ivirshup
改进 integration 章节（#109） @lazappi
更新 B-cell clonotype analysis（#105） @jdhenaos
校对 Citeseq（#102） @cramsuig
审阅 analysis frameworks（#98） @ivirshup
Citeseq pp 笔记本（#60） @danielStrobl
更新 perturbation modeling 章节（#91） @yugeji
更新 compositional analysis 章节（#76） @johannesostner
更新 raw data processing 章节（#77） @DongzeHE
更新 differential gene expression 章节（#80） @alitinet
更新 preprocessing 小节（#139） @AnnaChristina
更新 compositional analysis 章节（#149） @xinyuejohn
更新 paired integration 和 advanced integration 章节（#135） @alitinet
改进 differential gene expression 章节中的 pseudobulk 图（#131） @alitinet
更新 advanced integration 章节（#112） @alitinet
修正笔误（#166） @alitinet
根据 pertpy 的变化更新 compositional analysis 章节（#152） @xinyuejohn
更新
README.md中的链接（#107） @WeilerP更新 spatial deconvolution 章节（#93） @amitfrish
更新 experimental data collection 章节（#71） @AnnaChristina
更新 introduction 小节（#70） @AnnaChristina
更新 preamble（#69） @AnnaChristina